ダキニ法で用いられる式盤が、東南アジアでみるシヴァ神の象徴の石と似ている気がした。

シヴァリンガですね。あれは男性器と女性器の交合した形で、世界の誕生を表すものです。世界を象徴する点では式盤と同じ意味を持っていますが（風水思想においても、女性器と類似の形状を持つ地形こそが最も理想的な空間と考えられていますしね）、起源や機能面では相違する部分が多いと思います。ただし、ダキニ法の式盤は中国由来の式盤とは違い、密教化されたものですので、シヴァリンガさえもが習合している可能性はありますね。