『大安寺縁起』に書かれている九重塔の破壊は、火災という可能性はないのでしょうか。

可能性としてはゼロではありませんが、やはり子部神社の性格を考えると雷の可能性が高いと思われます。それに、仏塔の焼失原因として、史料上最も頻繁に現れるのが「落雷」なんですよね。例えば『続日本紀宝亀三年(772)4月己夘条に、「西大寺の西塔に震す(震は落雷のこと)。之を卜ふに、近江國滋賀郡小野社の木を採りて塔を搆ふるによりて祟を為す」などという記述があります。雷神信仰が強かったこともあり、落雷は多く神の祟りに結びつけられたようです。