「馬子」「蝦夷」「入鹿」といった蘇我代々の名前は本名ではなく、意図的に貶すために付けられたと聞きました。本当でしょうか。

これはどうでしょう。馬子や入鹿についてはあらためて検討が必要ですが、別に動物の名前が付いているからといって貶められたことにはなりません。よく夷狄と同じ名前が付いているといわれる蝦夷も、エミシという名称自体、もともとは強力で勇気のある人といった意味で用いられていたのです（東国のエミシも本来はその意味）。ただし、わざわざ「蝦夷」という表記を用いたことには、何らかの意図が込められているのかも分かりません。ちなみに他の表記には、「毛人」と書いてエミシと読ませる例があります（造東大寺司長官をを務めた佐伯今毛人など）。「馬子」は厩戸王にかけて、厩舎で働くもの、厩戸王の僕、という位置付けになっているとも憶測することはできますが、慎重な検討が必要です。