鬼門は〈丑三つ時〉と関係あるのでしょうか。なぜ東北なのでしょう？未開のイメージなど、実際の日本の地形が念頭にあるのでしょうか？

表示に十二支を使うという点では共通していますが、それ以外は鬼門、丑三つ時の関連性はないでしょう。鬼門の起源は漢籍にあり、『山海経』逸文や『神異経』に東北の鬼門の存在が語られています。陰陽道では、太陽のない北、太陽の沈む西は陰、太陽の昇る東、太陽の通り道である南は陽とされますが、東北・南西は陰と陽の境界に当たるため不安定であると解釈するようです。ヤマト王権とそれを受け継ぐ律令国家、王朝国家にとって、東北が不穏な地域であったことは確かです（東国自体がそういう土地なのですが）。平安京の鬼門の守りは比叡山が務めていますが、例えば承平天慶の乱の折には比叡山でも将門調伏の祈祷を行っています。平安京の貴族たちが、鬼門に実際の東国、東北地方を重ね合わせていたのは確かでしょう。