当時は、近親婚で障害を持った子供なども多く生まれたのでしょうか。

記録にはきちんと残っていませんが、恐らく少なくなかったと思われます。「基王」にも、何らかの障害があったのかも分かりません。『古事記』や『日本書紀』の神代巻で、列島を産み落とすイザナキ・イザナミが最初に生んだ水蛭子（ヒルコ）は、不具であったため舟に乗せて流してしまったという記事が出て来ます。イザナミ・イザナキは兄妹婚ですので、ここにも近親婚の禁忌が込められているのかも分かりません。