『日本霊異記』において、女性は性を超越した清浄な存在として描かれているという説を読みました。これも女性の不浄性を前提にしているのですか。

それは極めて限定された意見ですね。下19の舎利菩薩あたりを敷衍したのでしょうが、中41などには、蛇と交接して蛇の子を産み落とす妄愛の女性も描かれています。『霊異記』が、女性を清浄化して描いているとはいえません。