縄文系弥生文化と渡来系弥生文化との間には、対立の痕跡は何もないのでしょうか。

ないとはいえないですね。思考形態も生活文化も異なるわけですから、生活領域が近接していれば様々な軋轢が生じることもあったでしょう。問題は、それがすべてではなく、文化の進んだ弥生人が文化の遅れた縄文人を駆逐し、列島を占拠したわけではないと判明したことです。