古代神社の配置についてよくいわれるレイラインは、認めてもよいものなのでしょうか。

レイラインをどういうものとして解釈するか、が問題でしょうね。もっともよくいわれるのは、太陽の運行に関わる方位信仰でしょうが（「ley」と「ray」が混同されている？）、個々の神社の規模であればともかく、列島全域に直線がかかったりするようになるとやや眉唾物です。地球の曲面としての性格や、土地の高低による太陽のみえかたの違いを全く考慮していないからです。