崇仏論争の物語のなかで、崇仏による災害は神祇信仰の偉大さを伝える演出だと思うのですが、廃仏による落雷などはどんな意味があるのでしょうか。

もちろん仏罰、あるいは、廃仏がよくない未来を呼び寄せる予兆として描かれています。崇仏論争を述作した人々が、仏を祟り神のような存在と認識していたことが窺われます。