里山が意識的に作られたものなら、そこに住む生き物にも少なからず影響があったと思います。それらにも、意識的な何かが働いていたのでしょうか。

当然ですね。例えば、草山・芝山が大規模に展開したために、森林地域の入り口付近に設けられていた狼の巣穴が露わになり、人間と争闘することが多くなりました。『遠野物語』は近代の採録ですが、開発の進展によって荒らされた土地に巣穴を作る狼が、村の大男と闘乱になる話が収められています。江戸時代中期には、さまざまな文書に狼害のことがみえ、狼が村を襲って人を食い殺すといった事件も起きています。狂犬病の蔓延との説もありますが、人間の開発によって、狼が生息領域を失っていったことも大きな原因でしょう。