入鹿の殺害後に、中大兄は蝦夷の殺害まで考えていたのでしょうか。

恐らくクーデター勢力は蘇我の本宗家を滅ぼすことを計画していたので、蝦夷についても当然滅ぼすつもりでいたでしょう。とくに蝦夷の邸宅は、飛鳥板葺宮と向かい合う甘樫丘に建てられていましたので、彼が勢力を糾合する前に決着をつけたかったはずです。入鹿を殺害した中大兄は速やかに飛鳥寺に陣を敷き、恐らくは阿倍・大伴・佐伯の軍を従えて、蝦夷の邸宅を包囲します。その間の具体的な動きは『書紀』に記録されていませんが、蝦夷が入鹿の死を知り、脱出を図るより速くに兵を動かしたことは間違いありません。