神社の起源は水源の祭祀にあるそうですが、すべてがすべてそうなのでしょうか。火、その他のものを信仰した例はないのでしょうか。

はい、すべてがすべて水の祭祀に関わりがあるわけではありません。なかには、沖の島のように嶋とその周辺環境を神聖化したものも存在します。火山を崇拝したものなど（まさに火ですね）、対極に位置するといってもいいでしょう。しかし、古墳時代の祭祀遺跡が現代の神社に連なるような事例、そして古代に各地へ成立する神社の大部分は、山を背景に水源地を持つものなのです。ゆえに山と水（山に水源がなくとも、それを環流する川であればよい）、が日本の神社の基本要素になってきます。