ハイヌヴェレ神話と類似の神話が『古事記』や『日本書紀』にあるとのことですが、それはインドネシアから伝わったものと考えてよいのでしょうか。

インドネシアに限定しうるかどうかはともかく、東南アジア周辺に起源する、初期栽培農耕文化の伝来に伴って将来されたものと考えられています。他にも『古事記』などには、有名な因幡の素兎と鰐の神話など、南方起源と推定されてるものが複数あります。日本の神話体系は、種々の地域から流入した多様な言説から形成されているようです。