明治維新の復古性についてですが、例えば太政官の設置などもこれに含まれるのでしょうか?

そうです。王政復古の大号令、そして政体書に基づく維新直後の政治体制は、アメリカの政治形態の影響を受けていました。しかし1869年には、大宝令を髣髴とさせるような祭政一致の二官六省制がスタートし、古代においては実質的に太政官の下位に置かれた神祇官が、明確に太政官の上位に位置づけられたのです。近代国家が祭政一致の仕組みを志向し、国家の起源や国体の正当性・正統性を神話に求め、神である君主をいただくというのは、それだけで極めて歪であると思われます。