後醍醐天皇に敵対した足利氏は明治になって逆臣とされたのに対し、承久の乱での北條氏がそう扱われないのはどうしてなのでしょうか。

そんなことはありません、北條氏もしっかり逆賊として扱われています。承久の乱で３上皇を配流にした義時などは、その代表といえるでしょう。そもそも北條氏は、幕府政治の制度的確立を達成した泰時、時頼以外は、多く源氏将軍を蔑ろにした存在として、武家社会においても批判の対象となってきました。『大日本史』の尊皇的価値観の源泉となった『神皇正統記』が、逆に義時を擁護し後鳥羽院のあり方を批判しているのは、興味深い「ねじれ」といえるでしょう。