鹿が害獣であったのと同じように、鳥に対してもマイナスの認識はなかったのでしょうか。

弥生時代に限定はできませんが、例えば上にも挙げたカラスの例があります。広島の厳島神社には、カラスによる御烏喰神事があって、海に浮かべた供物を神使いの烏が食べるかどうかで、願いごとの成就や吉凶を占います。これなどは、烏が作物その他を奪ってゆく認識がまずあり、やがて神事に組み換えられていったものでしょう。