邪馬台国は恐らくヤマト王権そのものではないのに、卑彌呼の業績を神功皇后のそれにすることで、何かメリットがあったのでしょうか。

『日本書紀』は中国的文脈に沿うように作成してある史書ですので、中国の史書に載る倭の記述を吸収しようとしたものでしょう。しかし、例えば倭の五王が『書紀』記載の大王にそれぞれ対応されているわけではないので、その編纂方針にはぶれがあります。