期末レポートは、授業で使用したプリント、紹介された本は参考にしてもいいですか。また、質の高い文献とはどのようなものか分かりません。

どうぞ、参考にしてください。皆さんはこれから専門研究の教育課程に入ってゆくことになりますが、研究の際に参考すべきなのは、まず最新の学術論文です。ですから、「質の高い文献」という場合には、まず歴史学の専門研究者が執筆した学術論文ということになります。その他、概説書、啓蒙書などの一般向けの書籍が出ていますが、これらは少し（内容の正確さ、最新性などの点において）格が下がります。もちろん、非専門の研究者にも優れた著作がありますが、これを評価するには高度な「目」が必要なので、とりあえず専門研究者の書いた、できるだけ最新の文献を探してください。