律令国家に属していない村はあったのでしょうか。

いわゆる蝦夷の領域の村々があり、また山中や海浜には、常に移動して戸籍に登録されていない人々も存在したと思われます。いわゆる浮浪逃亡現象のなかにも、農業を主要な生業としつつも移動を重ねる人々が相当数おり、定住を前提に把握しようとした国家に「浮浪逃亡」のレッテルを貼られてしまう、といったこともあったでしょう。