アニミズムの思想にある生命の供養の仕方について、日本の精肉を行っている方々もしているのでしょうか。

屠殺場では、「獣類供養」などの仏教的法会が行われ、供養塔の立っているケースが多いですね。なお、これは屠殺場に限らず、動物実験の行われる病院、研究所などでもみることができます。