『法苑珠林』は、ある項目におけるそれまでの書物の引用集のようなもの、とのことですが、１つの項目でいくつの書物からも引用があるとすれば、項目内で内容や説明に矛盾が生じるのではありませんか。

そうなんです、というとあまりにも無責任ですが、矛盾に満ちています。類書は恐らくインデックスとしての機能も持っており、そこには諸説を検討して結論を出す、という作業は求められていなかったと思われます。