『日本書紀』などの昔の書物が、どれが写本でどれが原本に近いなどのことは、どのようにして調べるのでしょう。

まずは、最も古い写本が基準になります。あとは、各写本、刊本などを比較対照してゆく作業ですが、例えば、まとまった写本としてそのまま残っていなくとも、最古の写本と同時代、もしくはより古い時代の文献に、例えば『書紀』の文章が引用されて出てくるということもある。そうしたデータをできるだけ広く収集して、訂正・修正を繰り返してゆく作業となるわけです。