畿内の豪族たちの歴史をもって「日本史」とすることに非常な違和感があります。『書紀』を史料として用いる限り、万世一系の天皇制イデオローグの呪縛からは逃れられないのではないでしょうか。

仰ること、よく分かります。飛鳥・奈良・平安になると、短い時間のなかで語らなければならないことも多く、どうしても内容が中央政治偏重になってしまい、その意味でも問題があるな、と自覚しています。なお『日本書紀』の問題ですが、書かれていることはそのまま史実と位置づけられないとしても、例えば神話の叙述については『古事記』とは異なる多様性があり、また百済関係の諸史料を援用して本文を補足あるいは相対化しているような箇所があって、内容・構成的には極めて複雑です。これを、漢籍や音韻を利用し、あるいは他の７世紀末〜８世紀の史料と比較検討してゆく作業によって、『書紀』が表面的に語っている以上の内容が明らかになっていることは確かです。同書を天皇制のイデオローグとして無視することは簡単ですが、それ自体も科学的態度とはいえず、また『書紀』に内在するさまざまな可能性を放棄することになってしまいます。偽書をも史料として多くのことがらを見出すのが、史料批判の白眉たるところです。例えば私は以前、漢籍・仏典と『書紀』の崇仏論争記事を比較検討することで、その説話性を明らかにするとともに、同書の歴史叙述が「中華王朝と同質の歴史を歩んできた」と立証するためにあるとの見解を発表したことがあります。史料は、読解者の視点と方法によって、表象する意味を大きく変えてゆくのです。