孝徳朝から天智天皇の時期に謀反の疑いで殺されたひとのなかに、本当に謀反を企てていた人はどれくらいいたのでしょうか。

これはもう解釈論になりますので、正確なことは分かりません。しかし、実力主義の社会の名残があったとはいえ、政権首班の蘇我本宗家が滅ぼされた衝撃は大きかったはずですし、東アジアの国際的緊張が高まっていることも、支配層には自覚があったはずです。それでも、自分に中大兄・中臣鎌足のグループを打倒できる実力があり、自分が政権の首座にあったほうが、倭国をうまく舵取りできるとの自負のある人物は、ほとんどいなかったでしょう。石川麻呂については、蘇我氏の力をもう少し削っておくべきだとの判断があったのでしょうし、蘇我本宗家が次期大王に推していた古人大兄の場合は乙巳の変の事後処理、孝徳の遺児有馬皇子の場合は、斉明朝の飛鳥の開発事業に反対する勢力を牽制するための措置であったと考えられます。