古代で扱った聖徳太子の史料にしても、中世で扱った元寇の八幡宮関係の史料にしても、客観的事実ではない内容のものが多く残っていると知りました。歴史のなかには、このような祈りや奇跡を含む、主観的な記述が多く残っているものなのでしょうか？

とても重要な質問だと思います。歴史叙述の根幹に関わるような問題ですね。実は、東アジアにおける歴史叙述は、その根幹に、卜占的な未来予測の要素を含んでいます。それはすなわち、中国古代、殷王朝に開始される甲骨卜辞です。もともとは狩猟採集段階において、獲物である鹿などを神霊に捧げて焼尽した際、残った骨の色やひび割れ方などから、神霊が供物を喜んで受け取ったかどうかを知る祭儀だったと考えられています。それがやがて、骨の亀裂を通じて神霊の意志、ひいては未来の情況を知る卜占となってゆき、使われる骨も、牧畜段階の羊や牛を経て、世界観や宇宙観と密接に関わる亀甲になってゆきました。殷王朝の武丁期には、この卜占に際し亀裂に合わせて記録する甲骨卜辞の形式が整備され、下記のような４要素が成立します。
　a）前辞／叙辞……卜占を行った日時（干支）、貞人の名を記す。
　b）命辞／貞辞（命亀）……卜占の命題。一般的には疑問文に翻訳、裂文を回答とする問いかけに設定する
　c）占辞（繇辞）……卜兆をみてそれに宿る神意を判断した言葉で、卜辞の主内容。
　d）験辞……占辞と現実の事象を照合した文。
殷王朝は王の一挙手一投足について占いを立てたため、必然的にa）に王の行動に関する月、b）にその内容（の可否）、d）に実行した内容が記されることになり、時期によっては王の年譜ならぬ日譜を復原することが可能となったのです。これが、東アジアにおける文字を用いた歴史叙述の始まりです。このうち、d）に記録されたものは、卜占の性質上、b）との一致をベクトルとして包含していました。とくに一般の卜者（貞人）ではなく、至高のシャーマンである王が実践した場合には、尚更です。実際のところ、両者には不一致の場合も多かったのですが、それでも「一致すべきであった」という方向性（倫理性というべきかもしれません）は内包することになります。歴史叙述は、客観的な事実の羅列ではなく、実現すべき未来を抱え込んだ文章として出現したのです。