自分の祖父のお墓とは別に「伊藤家代々」の祖先を祀るお墓のようなものが同じ寺院にあるのですが、それは墓域と関係があるのでしょうか？

詳細が分からないのですが、恐らく「代々」の方は、家の墓に入りきらなくなったお骨をまとめて納めたものか、あるいは逆にもともとの古い墓で墓室が一杯になってしまい、最近の死者のみ別の墓に収骨されるようになったということでしょう。