王権が太陽信仰に依拠したものなのに、自然を征服するというのには違和感があるのですが。

例えば、天神／地祇という言葉によって高天原に由来する神と地上（葦原中津国）の神とが区分されるように、王権は神々のうちにヒエラルヒー（上下関係）を作り出していました。そのうちタカミムスヒやアマテラスといった皇祖神がトップに君臨し、その子孫として地上の支配を任された天皇は、地上の自然を表象する神々（地祇）より高位に置かれる理屈になるのです。