イヨマンテで「丸太で絞め殺す」のは、熊の身体をできるだけ傷つけないようにそうするのでしょうか？

もちろんそうした配慮はあるのでしょうね。熊の精霊は耳と耳の間にいると考えられていたようですので、「魂と肉体の分離」を想定したとき、首と胴を分離するかのような所作が選択されたのかも分かりません。