自国を思うということは、戦争時などの国民統一に利用されるばかりの悪いことなのでしょうか？

別に、国を思うことが悪いとはいっていません。ただし、古来から続いてきた国のありよう、その自然環境や文化、心性などと、近代の「想像の共同体」としての国民国家を混同してはならない、といっているのです。あなたが誇りに思う国とは、機構としての国民国家なのでしょうか、それとも日本列島の風土や歴史・文化、その地に暮らす人々のことでしょうか。私は、後者には大きな愛着を抱いていますが、国民国家としての「日本」には特段の価値を見出していません。