実際に入鹿を殺した２人は、本当に入鹿を殺したかったのでしょうか。殺したことで、何が得られたのでしょう？

どうでしょう。氏族制下の出来事ですから、自分が直接奉仕していた蘇我石川麻呂、もしくは中大兄の命令に従ったということでしょうね。彼らがどのような国家観、政治観を持っていたのかはよく分かりませんが、門号氏族に位置づけられてゆく性格からして、王権直属の意識は強固だったのではないかと思われます。