古代において山といえば三輪山だと思うのですが、そこにも神はいたのでしょうか。

もちろん、三輪山の麓には大神神社という神社があり、日本最古の神社といわれています。祭神は三輪山自体を神体とする大物主で、神話においては蛇の姿で形象されます。しかし、考古学的にはその神格・祭祀には変遷があるようで、かつては王権の故地からみて東側に当たることから、太陽の昇る場所、すなわち太陽神信仰のなかで把握されていたものの、やがて河内から移動してきた三輪氏（須恵器の作成を管轄していたらしい）が祭祀を担うようになり、現在の大物主信仰へ変質したものと考えられています。三輪山は別名三諸山ともいい、ミモロとはミムロ、すなわち御室の意味で、神霊の居所のことです。どうやらこちらが古名であり、三輪山は新しい名称のようです。