男の孝徳より女の皇極の方が先に即位していますが、この頃の王位継承の基準は何なのでしょう。

これは難しい、現在でも女帝の位置づけをめぐって議論の絶えない問題ですね。古代において女帝が即位する際には、皇族やその依拠勢力である豪族どうしの間で充分な折り合いがつかない情況にあるとき、前天皇の皇后としてその調整役を果たすべく皇位に就く場合が多いようです。推古天皇の場合も、用明天皇・崇峻天皇の早すぎる崩御、蘇我氏が天皇を暗殺するという宮廷内の不穏な政治情勢を前提としていましたし、皇極天皇の場合も、その夫舒明天皇が即位した時点から続く朝廷内の政治的混乱（舒明と山背大兄が即位を争い、その結果蘇我氏内部で死者を出す政治抗争が起きた）を前提としていました。女帝＝前后にはその混乱を回避し、時代の平穏な政権を構築する重大な責務が課せられていたのです。