『ラピュタ』はアニミズムに関係ないのでしょうか？

関係ありますね。とくにラピュタの核が巨大な樹木であり、そこに動植物の楽園が広がっていること、人間が存在しないことが重要です。地球軌道を回る巨樹の絵は美しいですが、しかし、アニミズム的な意味での深まりはあまりみえません。人間と自然との関係も、単純な二元論、二項対立的論法の域を出ていないように思われます。『ラピュタ』は人気の高い作品と思いますが、ぼくには『空とぶ幽霊船』『未来少年コナン』『ルパン３世カリオストロの城』の焼き直しにみえて、あまり新鮮味も面白さも感じられません。