古墳時代には、歴史時代の神社に結びつくような祭祀遺跡が出現しますが、それらの多くは、人間の開発が拡大したその向こう側の領域へ設定されてゆきます。例えば山の神聖視も、弥生期〜古墳期にかけて麓の開発が進むにつれ、次第に禁足地化が進んでゆくことになります。縄文時代には人の生活の痕跡が確認できたものが、弥生期に至って次第に高山へは入らなくなる、山へ登らなくなるといった事例が増えてゆくようです。壱岐や対馬にも航海の安全を祈る神社は存在しますが、やはりそれらは人が生活している場所です。それに対して沖ノ島は海の孤島で、生活領域とはなりえなかったために、神の島としての位置づけが確定したのでしょう。
