神聖視される一方で害獣ともされるなど、信仰している人、退治しようとしている人の間で争いにならなかったのでしょうか。

それは発生した可能性があります。神殺しを語る『日本書紀』のエピソードにも、これを主張する中央の官人に対し、在地の民衆たちが反対するというくだりが存在します。共同体のなかでも、度々結論をめぐってトラブルが発生していたのではないでしょうか。