骨の方が甲羅よりヒビが入りやすいとのことでしたが、1)扱いにくい甲羅を使うことの方が技術的に優れていると考えられた、2)甲羅の方が骨より耐久性が高いので、大切な記録を保持するのに適していた、といった理由はあったのでしょうか。

面白いですね。甲羅も結局は骨なので、後世にわたる耐久性については単純な比較はできないでしょうが、甲羅の整治が骨の整治より厄介だったのは確かでしょう。当時の亀卜の技術は卜府が独占していましたので、高度な技術の方が他国にまねされない、権威が高いという面はあったかも知れません。