『日本書紀』が作られたとき、「日本」という国号の存在はありえないと思うのですが…。

うーん、どうしてそうした知識を持ってしまったか分かりませんが、日本国号の所見は大宝の遣唐使です。ゆえに少なくとも７世紀末には、東アジアに「日本」を国号とする画期があり、『日本書紀』はその「日本」の歴史書として編纂されたとみられるのです。