古墳には木々が生えているイメージなのですが、あそこに生えている木は、もとからあったのではなく、あとから形成されたのでしょうか？

あとから形成されたものです。古墳の墳丘は、例えばある程度の規模の前方後円墳などでは、幾つかの段からなる幾何学的な設計・構造で、表面はほぼ石敷き、そのうえに埴輪や装飾用の木製品が立て並べられています。現在のようなこんもり緑の茂った姿は、そうした状態を維持する努力が失われたあと、木々が呑み込んでいった状態なのです。