複都制にはどのようなメリットがあるのでしょう。機関が別々の場所にあると不便であると思うのですが。

難波宮を外交・経済の拠点とすると、外交使節が来朝する難波津に近いこと、陸路と水路が交錯する交通の要衝であることが利点です。しかし、交通に開けているということは、そのぶん外敵にさらされやすいということも意味しています。倭が唐・新羅連合軍に敗北した白村江以降の緊迫した国際情勢において、交通の開けた難波は政治上重要だったでしょうが、外国に襲撃された場合防衛ラインを引くことができません。ゆえに、天皇の居所としての浄御原宮が必要だったと思われます。