『古事記』や『日本書紀』でいろいろなものの比喩が出てきますが、そもそもなぜ比喩であると分かるのでしょうか。

そこは、前近代史や神話学、民俗学等の知識の問題で、どれだけ多くの比喩、暗喩、象徴に関する知識を持っているかにかかっています(例えば、上記の回答における矢の象徴の問題など)。それらとの比較を通じて検証し、いかなる比喩であるかの推測がなされるのです。勉強しましょう。