動物の種類によって、神聖視されたり災いをもたらすとされたりしたのでしょうか。また、イルカは食用とされたのですか。

文献が残ってくるとはっきりするのですが、縄文時代においては分からないことが多いですね。しかし、一般に神的存在は、力の強いものほどプラスの恩恵／マイナスの災難とも大きいものです。日本の古代においては、神もよく祭れば幸いをもたらし、侮れば災いをもたらす両義的な存在でした。縄文の動物の主たちも、熊やクジラといった強力なものほど篤く信仰され、同時に恐れられていたはずです。
ちなみに、イルカも食べられたようです。猿やムササビも食べていますね。