『もののけ姫』で、シシ神とヤックルが同系統の生き物であるのは、何か意味があるのでしょうか。

これは、もともと特別な意図があったわけではないと思います。映画版『もののけ姫』のもとになった作品のひとつに、宮崎駿による絵物語『シュナの旅』があります。モンゴル高原が舞台で、貧国の王子シュナが神の国から麦を奪ってくるという物語。シュナはアシタカによく似ていて、同じようなシーン、シチュエーションも出てきます。そのシュナが乗っているのが、あのヤックルなのです。どうみても日本にいなさそうなあの動物の由来は、そうしたところにあるのです。しかし、結果として野生の動物神の〈家畜蔑視〉や、アシタカとヤックルの友情から、「果たして家畜とは何なのか」という問題も描けたので、適切な設定だったといえるでしょう。